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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  35 lines
  1. *******************************************************
  2. * Gas vesicles protein GVPc repeated domain signature *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. Gas vesicles are small, hollow, gas filled protein structures found in several
  6. cyanobacterial  and archaebacterial     microorganisms  [1].  They  allow  the
  7. positioning of  the  bacteria  at the favorable depth for growth. Gas vesicles
  8. are hollow    cylindrical tubes, closed by a hollow, conical cap  at each end.
  9. Both the    conical  end caps and central cylinder are made  up of 4-5 nm wide
  10. ribs that  run at right angles to the long axis of the structure. Gas vesicles
  11. seem to be constituted of two different protein components: GVPa and GVPc.
  12.  
  13. GVPc is  a  minor  constituent  of gas vesicles and seems to be located on the
  14. outer surface.    Structurally,  cyanobacterial GVPc  consists of four or five
  15. tandem repeats  of  a 33  residue  sequence  flanked by sequences of 18 and 10
  16. residues at the N- and C-termini, respectively.
  17.  
  18. We derived a  signature pattern for the repeated domain.  This signature spans
  19. positions 11 to 33 of that domain.
  20.  
  21. -Consensus pattern: F-L-x(2)-T-x(3)-R-x(3)-A-x(2)-Q-x(3)-L-x(2)-F
  22. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  23. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  24.  
  25. -Note: this pattern is not  designed to  detect archaebacterial GVPc [2] which
  26.  is composed of 8  tandem  repeats of  a sequence  very  distantly (if at all)
  27.  related to that of cyanobacterial GVPc.
  28.  
  29. -Last update: June 1992 / Text revised.
  30.  
  31. [ 1] Walsby A.E., Hayes P.K.
  32.      Biochem. J. 264:313-322(1989).
  33. [ 2] Jones J.G., Young D.C., Dassarma S.
  34.      Gene 102:117-122(1991).
  35.